Stiftelsen vedtok i 2023 nye vedtekter med et styre med fem politiske representanter fra Vega kommune, Stortinget, Nordland fylkeskommune og Helgelandsrådet. Styret skal få innspill fra et fagråd og et rådgivende utvalg. Ny organisering vil tre i kraft i november 2023 når de nye kommunestyrene og Helgelandsrådet er konstituert etter valget 2023.

Nåværende styre består av:

• Ordfører André Møller, Vega kommune, styreleder
• Vara: Hilde Sprekenhus, Vega kommune
• Ove Mortensen, Vega kommunestyre, nestleder
• Vara: Eirin Sannes Sleteng, Vega kommune
• Øystein Mathisen, Stortinget
• Vara: Mona Fagerås
• Hilde Wika, Vega kommune
• Vara: Ove Horpestad, Vega kommune
• Magnar Solbakk, Helgeland Museum, styrerepresentant
• Vara: Ann Kristin Klaussen, Helgeland Museum
• Per Anton Nesjan, Stiftelsens rådgivende utvalg
• Vara: Gunvald Eilertsen, Stiftelsens rådgivende utvalg

Observatører: Miljødirektoratet, Riksantikvaren, Statsforvalteren i Nordland, Vega verneområdestyre, Statens naturoppsyn.

Stiftelsen Vegaøyan Verdensarv har et fagråd med representanter fra Riksantikvaren, Miljødirektoratet, Nordland fylkeskommune – kulturminner i Nordland (administrativt nivå), Vega verneområdestyre, Statens naturoppsyn, Vega kommune (administrativt nivå), Vega verdensarvsenter, Helgeland Museum og to grunneierrepresentanter fra verdensarvområdet og buffersonen.

Styret skal ha et rådgivende utvalg som skal gi impulser til styrets arbeid. En valgt representant fra rådgivende utvalg er medlem av Stiftelsens styre. Rådgivende utvalg for Stiftelsen Vegaøyan Verdensarv har felles møter med det rådgivende utvalget for Vega verneområdestyre. Følgende lag og foreninger er representert i det rådgivende utvalget: Hysværøyan Grunneierlag, Nordland Ærfugllag, Norsk Ornitologisk Forening, avd. Nordland, Vega Bonde- og Småbrukarlag, Skogsholmen Grendelag, Vega Bondelag, Vega Fiskarlag, Vega Kystlag, Vegaøyans Venner, Vega skole, Skogholt ungdomslag, Ylvingen, Utværet Lånan AS, Naturvernforbundet i Nordland, Visit Helgeland, Aktiv Vega, grunneierrepresentanter for Søla, Muddvær og Skjærvær .