Stiftelsen vedtok i 2023 nye vedtekter med et styre med fem politiske representanter fra Vega kommune, Stortinget, Nordland fylkeskommune og Helgelandsrådet. Styret skal få innspill fra et fagråd og et rådgivende utvalg.

Nåværende styre består av:

• Ordfører Jon A Floa, Vega kommune, styreleder
• Vara: Kjartan Sørøy, Vega kommune
• Kari Renate Nilsen, Vega kommunestyre, nestleder
• Vara: Katrine Olsen Grindhaug, Vega kommunestyre
• Øystein Mathisen, Stortinget
• Vara: Mona Fagerås, Stortinget
• Geir Knutson, Nordland fylkeskommune
• Vara: Roy Skogsholm, Nordland fylkeskommune
• Siv Aglen, Helgelandsrådet
• Vara: Mads Lund Nielsen, Helgelandsrådet

Observatører: Miljødirektoratet, Riksantikvaren, Statsforvalteren i Nordland, Vega verneområdestyre, Statens naturoppsyn.

Stiftelsen Vegaøyan Verdensarv har et fagråd med representanter fra Riksantikvaren, Miljødirektoratet, Nordland fylkeskommune – kulturminner i Nordland (administrativt nivå), Vega verneområdestyre, Statens naturoppsyn, Vega kommune (administrativt nivå), Vega verdensarvsenter, Helgeland Museum og to grunneierrepresentanter fra verdensarvområdet og buffersonen.

Styret skal ha et rådgivende utvalg som skal gi impulser til styrets arbeid. Rådgivende utvalg for Stiftelsen Vegaøyan Verdensarv har felles møter med det rådgivende utvalget for Vega verneområdestyre. Følgende lag og foreninger er representert i det rådgivende utvalget: Hysværøyan Grunneierlag, Nordland Ærfugllag, BirdLife, avd. Sør-Helgeland, Vega Bonde- og Småbrukarlag, Skogsholmen Grendelag, Vega Bondelag, Vega Fiskarlag, Vega Kystlag, Vegaøyans Venner, Vega skole, Skogholt ungdomslag, Ylvingen, Utværet Lånan AS, Naturvernforbundet i Nordland, Visit Helgeland, Aktiv Vega, grunneierrepresentanter for Søla, Muddvær, Kilvær og Skjærvær