Forvaltningsplanen fastslår at gjengroing på grunn av manglende beiting og slått er hovedutfordringene. I innskrivingsteksten blir også Norge anmodet om å få beitet større områder med sau og inngå samarbeid med grunneierne for å få en god skjøtsel og forvaltning av området. Eiendomsstrukturen gjør det utfordrende å få i gang aktivitet i enkelte vær der beite- og slåtteaktiviteten har opphørt. Erfaringene fra de siste årene med tiltaksmidler viser likevel en positiv utvikling i området. Flere nye øyer blir beitet og større areal blir slått.

Stiftelsen Vegaøyan Verdensarv har et budsjett på ca 900 000 kr til beite- og arealtilskudd, etableringer og skjøtselsplaner. I tillegg gis det i 2023 2,1 mill over jordbruksavtalen til bønder som har dyr på beite eller som driver slått i verdensarvområdet. Med etableringen av lokal forvaltning av verneområdene bevilges det også midler fra Vega verneområdestyre til skjøtsel i verneområdene. i 2023 var dette beløpet på ca 500 000 kr.

Skjøtselplaner

Stiftelsen og/eller Vega verneområdestyre har finansiert utarbeidelse av skjøtselsplaner for de fleste av de større øyene i verdensarvområdet.
Per idag finnes det skjøtselsplaner for alle de største øyene:

• Skogsholmen: beite med ungfe og sau, slått og hogst av sitkagran og buskfuru
• Hysvær og Søla: slått og sauebeite, hogst
• Skjærvær og Lånan: slått
• Omnøy: slått og sauebeite
• Bukkøy: slått og sauebeite
• Tåvær: sauebeite
• Kilvær: slått og sauebeite, hogst av sitka
• Stor-Emårsøy: beite med ungfé, slått
• Kjellerhaugvatnet: sauebeite og hogst av sitka og krattskog
• Holandsosen: sauebeite og hogst av sitka og krattskog
• Muddvær: slått
• Rognan: slått og sauebeite

I tillegg beites en rekke øyer hvor det ikke er laget skjøtselsplaner.